会社設立前に仕入・売上等の営業活動を行ってしまいました。これは、どのように扱われるのですか?

会社は、その設立登記が完了して初めて会社が設立するものです。そのため、設立後の最初の事業年度の開始の日は法人の設立の日、つまり設立登記の日となります。

しかし、設立登記前の期間が短い場合には、その間の取引を設立後の会社と区分して計算する必要はないことになっております。したがって、設立前の短い期間に行われた仕入・売上も設立後の会社の仕入・売上と扱って差し支えありません。
ただし、個人事業者者の法人成りの場合は、きっちりと設立登記日を区切って、損益の計算をする必要があります。